Het Schaffelaartheater wordt geëxploiteerd door Schaffelaar Theater BV, waarvan de aandelen het eigendom zijn van de Stichting Houdstermaatschappij Schaffelaar. Het bestuur van deze Stichting functioneert als Raad van Toezicht van Schaffelaar Theater BV. Zij stelt de directeur aan, houdt toezicht op het beleid van de directie en op de algemene gang van zaken. Het bestuur werkt conform de Governance Code Cultuur.